Cette journée de commémoration, instaurée par la loi du 10 juillet 2000, est à distinguer de la journée nationale du souvenir des victimes de la déportation, créée en 1954 et fixée au dernier dimanche d’avril. Cette dernière est dédiée à l’ensemble des déportés de la seconde guerre mondiale, que ce soit pour des raisons raciales, politiques, de mœurs ou pour des actes de Résistance. L’objectif de la journée du 16 juillet n’est pas d’accorder davantage d’importance aux déportés raciaux (principalement les Juifs et les Tziganes), mais de dénoncer la politique raciale ayant conduit à une extermination incluant même les jeunes enfants. Cette loi se veut pédagogique : sensibiliser à la notion de génocide pour éviter que l’histoire ne se répète.

Deux tiers des Juifs résidant en France ont heureusement survécu. Cette journée est donc aussi un hommage aux « Justes », ces hommes et ces femmes qui – tel que l’énonce la loi – « ont recueilli, protégé ou défendu, au péril de leur propre vie et sans aucune contrepartie, une ou plusieurs personnes menacées de génocide ».
Partout en France, des héros souvent anonymes ont ainsi agi par respect de la vie humaine, comme ce fut le cas notamment à Chavagnes-en-Paillers, petite commune vendéenne où furent accueillies plusieurs dizaines d’enfants juifs.

La date du 16 juillet a été choisie en mémoire de la rafle dite du « Vel’ d’Hiv’ », la plus importante arrestation opérée par des gendarmes et des policiers français – cette commémoration reconnaît du reste explicitement la responsabilité du gouvernement de l’ « Etat français ». Très tôt, ce matin de 1942 et jusqu’au lendemain, près de 13.000 Juifs sont arrêtés à Paris. Environ 7.500 d’entre eux, dont 4.000 enfants, sont conduits au Vélodrome d’Hiver, dans le 15e arrondissement. Ils y resteront plusieurs jours, dans des conditions sanitaires déplorables, avant d’être transportés par les premiers convois ferroviaires à destination des camps de concentration où périront 100.000 Juifs envoyés de France.